Le génome du caféier pour la première fois cartographié

Contrairement à de nombreuses plantes cultivées, le caféier ne bénéficiait pas jusqu’à présent de carte génétique. C’est aujourd’hui chose faite à la suite des travaux menés par l’une des rares équipes de chercheurs travaillant dans le monde sur la génétique du café, le laboratoire de ressources génétiques et d’amélioration des plantes tropicales (LRGAPT) du Centre Orstom (Institut français de recherche scientifique pour le développement en coopération) de Montpellier. Ces recherches entreprises au début des années 1990 ont été conduites en collaboration avec le Centre de recherche Nestlé de Tours.

La carte a pu être établie grâce à l’analyse moléculaire d’un matériel végétal original mis au point par les chercheurs de la station de génétique des caféiers Orstom de Man (Côte d’Ivoire) où, depuis le début des années 1970, sont aussi conservées et étudiées plusieurs milliers de variétés de caféiers (espèces sauvages, cultivées et hybrides) collectées en Afrique. Cette cartographie a été réalisée pour l’espèce Coffea canephora - mieux connue sous le nom commun de «Robusta» - dont la culture est répandue dans les zones humides de basse altitude d’Afrique occidentale, du Brésil et d’Asie (Indonésie, Thaïlande, Viêt-nam). Elle pourra également être utilisée pour d’autres espèces - et notamment pour C. arabica, espèce la plus cultivée - du fait d’une faible différenciation génétique entre les diverses espèces appartenant au genre Coffea.

Représentation du génome d’une espèce, une carte génétique permet, grâce à des marqueurs moléculaires, d’identifier les gènes que portent les chromosomes et de les localiser sur ceux-ci. En ce qui concerne l’amélioration des plantes, l’un de ses principaux intérêts est d’offrir la possibilité aux chercheurs de repérer les gènes d’intérêt agronomique (résistance aux maladies, productivité par exemple).

La carte génétique du café devrait ainsi rendre beaucoup plus rapide et performant le processus de sélection des caféiers, qui, jusqu’à présent, s’avère très long - dix à quinze ans sont nécessaires pour l’évaluation correcte des potentialités d’un caféier - et coûteux du fait des surfaces importantes que nécessitent les essais en champs ou encore à cause des tests indispensables à l’évaluation de la qualité du café. Grâce à cette carte, les chercheurs pourront à un stade précoce du développement de la plante (plantule) identifier la présence de gènes garantissant par exemple la taille des grains, la teneur en caféine ou la résistance du caféier à ses principales maladies et ravageurs (anthracnose des baies, rouille orangée, nématodes,…). Ils pourront ainsi sélectionner très rapidement les génotypes les plus intéressants sur le plan agronomique et technologique.

Les chercheurs du LRGAPT auront prochainement recours à cette carte dans le cadre d’un programme mené en collaboration avec le Coffee Research Foundation au Kenya afin de contrôler le transfert chez C. arabica du gène de résistance à l’anthracnose des baies qui a été identifié chez C. canephora. Des collaborations sont également engagées avec l’Idefor (Institut des forêts, Côte-d’Ivoire) et le Centro agronómico tropical de investigación y ensenanza (CATIE, Costa Rica) qui se consacre à la recherche agronomique pour les pays d’Amérique centrale et les Caraïbes.

A plus long terme, cette carte génétique pourrait être utilisée dans des programmes de transformation génétique des caféiers, les marqueurs servant de points d’ancrage à partir desquels il serait possible d’isoler et de modifier des gènes. Dans cette perspective, les chercheurs de l’Orstom poursuivent leurs travaux afin d’affiner cette première carte génétique en augmentant le nombre de marqueurs et la précision des positions jusqu’à présent obtenues.